Về cơ bản, để làm canh, trước tiên đem cá rô đồng luộc và gỡ lấy thịt, sau đó đem thịt rim khô làm để nhân trong bát, bún hoặc bánh đa, thêm rau cải, rau muống... rồi chan nước dùng.

Chi tiết các bước chế biến cụ thể như sau:

• Chọn cá: cá rô chọn nấu canh phải là cá tươi, là rô ta (rô đồng). Cá to vừa phải; nếu cá nhỏ quá, thịt nhũn, nhiều xương ăn không ngon; cá to quá lại nhiều mỡ.
• Làm cá: sau khi chọn, đánh sạch vẩy, sau đó xóc cá nhiều lần với muối trước khi cho vào luộc.
• Luộc cá và gỡ cá: đun sôi nước, giữ lửa to vừa phải, cho chút muối vào nồi rồi mới cho cá vào luộc, khi được 10-15 phút, lúc đó cá nổi trên mặt thì vớt ra để nguội rồi gỡ thịt. Nếu luộc lâu quá, thịt cá sẽ nát, luộc chưa tới thì cá không chín, khó gỡ xương.
• Ướp gia vị: thịt cá sau khi gỡ được ướp gia vị, rim với nước gừng và hành khô cho săn lại (hoặc dùng gừng nước, hàng nướng) để lên màu cánh gián; có thể ướp thịt cá với nghệ cho cá có màu vàng.
• Rim cá: rim cá sao cho cá không còn vị tanh, không khét mùi đường cháy, thịt không nát vụn, vẫn giữ được độ ngọt của cá rô đồng;
• Đầu và xương cá cho vào nồi nước luộc cá ninh tiếp để lọc lấy nước dùng. Trước khi cho vào nước dùng nên giã nhỏ. Nước dùng nên thêm một vài lát gừng.
• Bún ăn với canh cá rô ngon nhất vẫn là bún được làm thủ công, sợi bún vừa mềm, vừa giòn, dễ gắp. Nếu dùng bánh đa, thường dùng bánh đa trắng đã được ngâm mềm trong nước.
• Rau gia vị không thể thiếu là hành và thì là, nên thái nhỏ khi cho vào bát canh. Rau ăn kèm bún gồm: rau cải, rau muống, rau rút, rau cần ta,... tùy từng mùa.